以合成寡核苷酸探针为例，该技术主要步骤为：首先使支持物---化，并用光敏保护基团将其保护起来。每次选取择适当的蔽光膜（ mask ）使需要聚合的部位透光，其它部们不透光。这样，光通过蔽光膜照射到支持物上，表面---修饰的处理方法，受光部位的---解保护。因为合成所用的单体分子一端按传统固相合成方法活化，另一端受光敏保护基的保护，所以发生偶联的部位反应后仍旧带有光敏保护基团。因此，表面---修饰，每次通过控制蔽光膜的图案（透光与不透光）决定哪些区域应被活化，以及所用单体的种类和反应次序就可以实现在待定位点合成大量预定序列寡聚体的目的。
将芯片与待研究的cdna或其他样品杂交，表面---修饰厂家，经过计算机扫描和数据处理，便可以观察到成千上万个基因在不同组织或同-组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。荧光标记的cdna与芯片上相匹配的dna序列发生杂交反应，是的芯片上的点呈现出荧光信号，荧光信号的强度和基因表达的多度呈正相关。基因芯片这种微型化装置具有---的容量，是科学家在单次试验中就可以分析整个基因组的变化。
正如电子管电路向晶体管电路和集成电路发展时所经历的那样，硅表面---修饰，---杂交技术的集成化也已经和正在使分子生物学技术发生着一场---。现在全已有十多家公司专门从事基因芯片的研究和开发工作，且已有较为成型的产品和设备问世。主要代表为美国 affymetrix 公司。该公司---有多位计算机、数学和分子生物学，其每年的研究经费在一千万美元以上，且已历时六七年之久，拥有多项。
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