在每根光纤的顶部蚀刻出一个小洞，可镶嵌直径为3um的微磁珠。每个微磁珠上可以根据不同的需求连接不同的配体，如寡核苷酸、蛋白质、抗体等。制作芯片时，将带有所需配体的不同微磁珠混合后与光纤束进行自组装，通过微珠上寡核苷酸标签序列(address) 确认每根光线上所吸附的不同的微珠。现有微珠芯片上每束光纤可镶嵌1536种微珠，因此，每种微珠在一束光纤中有30次重复。结合在微珠上的寡核苷酸或者蛋白可与荧光标记的配对---或配体发生相互作用，发生的信号被激发后通过光纤传递到检测器。
该方法的主要优点是可以用很少的步骤合成极其大量的探针阵列。例如，合成 48 （ 65536 ） 个探针的 8 聚体寡核苷酸序列仅需 4 × 8=32 步操作， 8 小时就可以完成。而如果用传统方法合成然后点样，环---处理使用什么机械，那么工作量的---将是不可思议的。同时，用该方法合成的探针阵列密度可---到 106/cm2 。不过，环---处理厂家，尽管该方法看来比较简单，江苏环---处理，实际上并非如此。
微阵列芯片的优势在于可同时扫描大量感兴趣的基因，为什么环---处理，但其研究的瓶颈也在于此。一次实验会产生大量的数据， 如何分析这些数据并得出在生物学上有意义的结论 ， 是微阵列芯片技术进一步发展完善的重要课题。在这方面需要借助于计算机技术和多种统计学方法 。在现在应用的多种数学模型之间还没有进行过---的对照研究 ， 因而对于它们的效能尚不能给予充分 、 的评估。
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