主要原因是，合成反应每步产率比较低，不到 95% 。而通常固相合成反应每步的产率在 99% 以上。因此，表面羧基化，探针的长度受到了---。而且由于每步去保护不很，致使杂交信号比较模糊，信噪比降低。为此有人将光引导合成技术与半异体工业所用的光敏抗蚀技术相结合，以酸作为去保护剂，使每步产率增加到 98% 。原因是光敏抗蚀剂的解离对照度的依赖是非线性的，当照度达到特定的阈值以上保护剂就会解离。所以，羧基化表面处理，该方法同时也解决了由于蔽光膜透光孔间距离缩小而基因芯片引起的光衍射问题，如何让表面羧基化，有效地提高了聚合点阵的密度。另据报导 ，利用波长更短的物质波如电子射线去除保护可使点阵密度达到 1010/cm2 。
感受完这种粗糙度之后，2010年就有人把疏水蛋白引入到检测中，---这种基质表面抗体堆积不均匀的情况。疏水蛋白能够自组装形成10nm厚的两亲性膜，疏水性一侧贴在疏水性的聚板上，亲水性的一侧伸向溶液中，可以物理吸附抗体，用于组装一抗。石英晶体微天平结果显示在ph=5时，聚板上形成一层致密的膜；x射线光电子能谱和水接触角测试显示疏水蛋白修饰后，钛表面羧基化，疏水的聚板能够保持长达3个月的亲水性；原子力显微镜结果显示，连接到疏水蛋白上的抗体也终于站起来了，是一种“end-on”的取向排列。
为了提高dna分子的稳定性，通常将dna固定在固态基质表面。dna的共价固定在pcr、分子检测等领域拥有广泛的应用，现有技术中，常用共价固定dna分子的技术主要包括利用肽键的方式、利用各种---偶联剂的方式、利用巯基的方式等，常用于dna固定化的固态基质有金刚石、金属、金属氧化物、陶瓷、塑料等，上述材料拥有---的物理性能，然而由于上述材料多孔结构的制备较为复杂，所以通常dna是直接固定在材料的外表面上。
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