目前，由于灵敏度所限，多数方法需要在标记和分析前对样品进行适当程序的扩增，不过也有不少人试图绕过这一问题，如 mosaic technologies 公司引入的固相 pcr 方法，引物特---强，替代肖特玻片，无交叉污染并且省去了液相处理的烦琐； lynx therapeutics 公司引入的---并行固相法 (massively parallel solid-phase cloning) ，替代肖特玻片厂家，可在一个样品中同时对数以万计的 dna 片段进行，且无需单独处理和分离每个。
3.微珠芯片技术
微珠芯片技术(beadarray) 技术是一一种新的基因芯片技术，有可能成为今后基因芯片技术发展的方向。目前，微珠芯片技术在生命科学领域的用途主要集中在snp及基因型分析、基因表达谱分析和蛋白组学研究三大领域。微珠芯片技术是在光导纤维技术基础上发展起.来的技术。在直径为3. 5mm的光纤束中，什么是替代肖特玻片，包含约50000跟光纤。
2.生物学意义分析
主要指通过分析芯片杂交数据，为什么替代肖特玻片，研究差异表达基因的生物学意义。通常，在芯片中某一或发育时期可能有成千上万个差异表达基因。例如，基因芯片分析植物根部可能有400多个特意表达的基因，如果要将这些基因的来龙去脉都搞清楚，可能要追溯超过4000篇以上的文献(假设1个基因需要查阅10篇文献)。这种不捡重点的方法耗时耗力，所获得的结果也往往没有意义。
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