尽管如此，通常原位合成方法仍然比较复杂，除了在基因芯片研究方面享有盛誉的 affymetrix 等公司使用该技术合成探针外，epoxysilane，其它中小型公司大多使用合成点样法。后一方法在多聚物的设计方面与前者相似，合成工作用传统的 dna 或多肽固相合成仪以完成，只是合成后用特殊的自动化微量点样装置将其以比较高的密度涂布于纤维膜、尼龙膜或玻片上。支持物应事---行特定处理，epoxysilane产家，例如包被以带正电荷的多聚赖酸或------。现在已有比较成型的点样装置出售，如美国 biodot 公司的点膜产品以及 cartesian technologies 公司的 pixsys nq/pa 系列产品。前者产生的点阵密度可以达到 400/cm2 ，后者则可达到 2500/cm2 。
为了---基因芯片数据的---性，epoxysilane作用，芯片中还需加.上多个持家基因(housekeeping genes)作为内对照。持家基因，如呼吸作用的酶类和细胞骨架蛋白基因等，是维持细胞正常生长发育的必须基因，其表达水平在细胞内基本不变。处理数据时，认为持家基因的反应信号在两种组织中不变，依此确定其他基因表达信号的相对值。
2）用点样法固定在玻璃板上的dna探针阵列，通过与荧光标记的靶基因杂交进行检测。这种方法点阵密度可有较大的提高，什么是epoxysilane，各个探针在表面上的结合量也比较一致，但在标准化和批量化生产方面仍有不易克服的困难。3）在玻璃等硬质表面上直接合成的寡核苷酸探针阵列，与荧光标记的靶基因杂交进行检测。该方法把微电子光刻技术与dna化学合成技术相结合，可以使基因芯片的探针密度---提高，减少试剂的用量，实现标准化和批量化---生产，有着十分重要的发展潜力。
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