它是在基因探针的基础上研制出的，所谓基因探针只是一段人工合成的碱基序列，在探针上连接一些基因芯片
可检测的物质，根据碱基互补的原理，利用基因探针到基因混合物中识别特定基因。它将大量探针分子固定于支持物上，表面---化原理，然后与标记的样品进行杂交，表面---化，通过检测杂交信号的强度及分布来进行分析。基因芯片通过应用平面微细加工技术和超分子自组装技术，把大量分子检测单元集成在一个微小的固体基片表面，可同时对大量的---和蛋白质等生物分子实现、快速、低成本的检测和分析。
早在八十年代， bains w. 等人就将短的 dna 片断固定到支持物上，借助杂交方式进行序列测定。但基因芯片从实验室走向工业化却是直接得益于探针固相原位合成技术和照相平板印刷技术的有机结合以及激光共---显微技术的引入。它使得合成、固定高密度的数以万计的探针分子切实可行，铁表面---化，而且借助基因芯片激光共---显微扫描技术使得可以对杂交信号进行实时、灵敏、准确的检测和分析。产品即将或已有部分投放市场，如何表面---化，产生的社会效益和经济效益令人瞻目。
在每根光纤的顶部蚀刻出一个小洞，可镶嵌直径为3um的微磁珠。每个微磁珠上可以根据不同的需求连接不同的配体，如寡核苷酸、蛋白质、抗体等。制作芯片时，将带有所需配体的不同微磁珠混合后与光纤束进行自组装，通过微珠上寡核苷酸标签序列(address) 确认每根光线上所吸附的不同的微珠。现有微珠芯片上每束光纤可镶嵌1536种微珠，因此，每种微珠在一束光纤中有30次重复。结合在微珠上的寡核苷酸或者蛋白可与荧光标记的配对---或配体发生相互作用，发生的信号被激发后通过光纤传递到检测器。
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